司马邺即皇帝位，大赦天下，改年号为“建兴”，是为晋愍帝。
司马邺任命卫将军梁芬为司徒，雍州刺史麴允为使持节、领军将军、录尚书事，京兆太守索綝为尚书右仆射。
司马邺是司马炎之孙，吴敬王司马晏之子，怀帝司马炽之侄，于是在他的号召之下兵马集合，同时司马邺任命镇东大将军、琅琊王司马睿为侍中、左丞相、大都督陕东诸军事，大司马、南阳王司马保为右丞相、大都督陕西诸军事。
时逢永嘉之乱，天下崩离，反抗四起，故在位期间，苟延残局。长安户不盈百，蒿棘成林，仓麦数十赶，众唯一旅。为取得关中地主武装的支持，凡坞垒之帅悉授将军之号。
皇室、世族已从京师洛阳纷纷迁至江南，西晋中原王朝至此名存实亡。
建兴三年，司马邺多次向丞相司马保征召军队，司马保身边的官员都说：“被蝮蛇咬手，壮士便截断手腕防止蛇毒蔓延。现在胡人贼寇士气正盛，应当暂时截断陇地的道路来观察事态的变化。”
从事中郎裴诜说：“现在蛇已经咬头，头难道也能截断吗？”
司马保这才以镇军将军胡崧为前锋都督，等各军集中后进发。麹允想护送晋愍帝到司马保那里，索綝说：“司马保得到了天子，一定会放纵他自己的私心。”
于是就没有行动。这样长安以西的地区，不再进贡尊奉朝廷，朝廷中的文武百官都饥饿困乏，靠采集野生的谷子来生存。
建兴四年，刘聪又派刘曜攻陷了长安，此时长安城发生严重饥荒，米价一斗达到黄金二两，并出现人吃人的情况，长安城中一大半人饿死。
太仓中有酿酒用的曲饼数十块，麴允将曲饼砸碎熬粥给晋愍帝喝，不久，曲饼也已经吃光了。
司马邺哭着对麴允说，如今穷困危急到这种地步，外面没有救援，为社稷而死是他所应该的。但想到将士们遭受的磨难，应趁城未陷落而行全身之计，或许可以使百姓免受屠戮之苦。于是命人赶快发书向汉赵投降。
建兴四年十一月，司马邺派侍中宋敞向刘曜送上降书，自己乘坐羊车，脱去上衣，口衔玉璧，侍从抬着棺材，出城投降。
群臣哭泣呼号，攀援住车驾，拉住晋愍帝司马邺的手，司马邺也不胜悲哀。御史中丞吉朗自杀。刘曜烧了棺材，接受了玉璧，让宋敞侍奉司马邺回宫。
几天以后，司马邺被送往平阳过流亡生活，麴允和群官都跟从到平阳。
汉赵皇帝刘聪给晋愍帝加上光禄大
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