征战已久，应当设置戍守边关，然后休兵养息，派谢玄回镇淮阴，朱序镇守寿阳。
而前秦帝国在淝水之战后，前秦元气大伤，先前被统一的鲜卑、羌等部族酋豪纷纷举兵反叛，建立割据政权。
先是慕容垂逃回前燕故地复国称王，慕容宗族的子弟慕容麟、慕容凤、慕容农、慕容隆等人跃马披甲，遍地狼烟；羌族的姚苌等人重新崛起；丁零人翟斌也起兵反叛，北方重新四分五裂。
苻坚困守长安，看见前燕贵族背信弃义，把慕容暐叫到面前大骂：“你们家族的兄弟子侄布列上将，当时虽称是灭国，其实我待你们如同归家一样，让你们享尽了荣华富贵。现在慕容垂、慕容冲、慕容泓各个称兵，你们家族真是人面兽心，枉我以国士对待你们。”
虽然如此，苻坚对鲜卑人仍不忍心诛杀，苻坚安抚慕容暐等人，待他们如从前一般。
长安城内，犹有一千多名鲜卑人在大宅子里住着，慕容暐、慕容肃等人时刻不闲，秘密招集族人准备埋伏人马袭杀苻坚，其间消息泄露，苻坚大惊连忙调查此事，最终谋反之事坐实，苻坚这才诛杀慕容暐父子及其宗族，城中鲜卑不论少长及妇~女全被杀光。
自此之后，灭人国者如果不忍心对亡国家族下绝杀令，劝谏者往往以苻坚为“柔仁”的首例，致使后代亡国之皇族少有保全者。
西燕多次被前秦窦冲、杨定、苻宏等人击败，西燕国主慕容冲也很畏惧杨定，但当初苻坚迁徙关东数十万徒何鲜卑进入关中，又从关中迁徙十五万户氐族人出镇外地，导致前秦在关中兵力不足，此时后秦皇帝姚苌亦分兵拦截前秦各路勤王部队，征西将军姚硕德率众与前秦河州刺史毛兴、秦州刺史王统于陇西对峙。
西燕在长安城外围城日久，城中乏粮，以至于出现人吃人的惨剧。苻坚倾尽最后家底，将自己的余粮分给他人，打仗的将军也分不到几片肉吃，塞进嘴里不敢咽下，回到家“吐肉以饴妻子”。
数月之间，烟尘四起，百姓死亡无数。
慕容冲率众登长安城，苻坚全身甲胄，亲自督战，飞矢满身，血流遍体。
最后，苻坚听信谶言“帝出五将久长得”的谶言，从长安出奔，留太子苻宏守城。
慕容冲纵兵大掠长安，死者不可胜计。有长安百姓千余户逃至东晋，东晋戍边将领竟诬陷难民为“游寇”，将男丁杀害，女子占为己有，生了孩子之后就赏给其他人接着生，在无法生育以后，就全部杀掉。
苻坚逃往五将山，羌族首
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