自从东晋建立以来，朝廷纲纪松弛紊乱，权贵之门互相兼并，百姓流离失所。刘裕掌握朝政以后，大力宣传规章制度，施行土断，禁止兼并。
会稽郡余姚县的世族虞亮藐视国法，藏匿逃亡人员一千多人，对抗刘裕的改革。
刘裕铁腕诛灭了虞亮，罢免了包庇他的会稽内史司马休之，法办了大批涉事的士族及官员，一时士族豪强肃然，谨慎规矩，远近遵法守纪，再也不敢像以前一样胡作非为。
刘裕上表请求减轻徭役，让百姓休养生息。
之前，山湖川泽都被豪强士族所夺取，百姓打柴、采摘、打鱼、垂钓，都要强迫交税，刘裕上表下令一律禁绝，免征，还山于民，还地于民。
当时人们的居住很不统一，刘裕上表制定了条例，于是都依划分的土地为准，施行土断，只有徐、兖、青三州居住在晋陵的人不在划分的范围。
各个流民聚集的郡县，有许多进行了合并。
刘裕收杀司马休之在建康的次子司马文宝及侄儿司马文祖，并出兵讨伐司马休之，自加黄钺，领荆州刺史。
司马休之则上表刘裕罪状，派兵抵抗。
雍州刺史鲁宗与司马休之联结，合兵反击刘裕。刘裕亲自统兵出征，进驻江陵，但他的前锋徐逵之初战败于鲁轨，众将除蒯恩外皆战死。
刘裕闻讯大怒，即刻统兵渡江，鲁轨及司马文思率军在悬岸峭壁上列阵，令他难以登岸。
刘裕与部将胡藩率兵冒险攀登，司马文思等竟不能抵挡，刘裕就乘对方后撤的机会登岸进攻，终击溃司马休之的军队。
刘裕击败司马休之军四万人，攻克江陵，加领南蛮校尉。
刘裕率军直捣襄阳，荆、扬二州尽被吞并，司马休之及鲁宗之北投后秦。
司马休之等人来到长安，姚兴对他们说：“刘裕尊崇晋帝，他有过错吗？”
司马休之哭道：“我以前到了京城，琅琊王司马德文哭着对我说‘刘裕对待主上，非常刻薄。’看来晋国的前途是难以预料了。”
姚兴准备任用司马休之为荆州刺史，将守卫东南的任务委派给他。
司马休之坚决推辞，请求和鲁宗之等人去侵扰襄阳、淮河、汉水一带。
姚兴任用司马休之为镇南将军、扬州刺史，鲁宗之等人都被姚兴封了官职。
司马休之准备前去上任，侍御史唐盛对姚兴说：“符命曾有记载，司马氏会占领黄河、洛阳一带。司马休之恐怕不是池中之
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