‘秃发傉檀’还都乐都，南凉逐渐衰弱，不断遭到别国攻打，共历三主，共十八年，拓跋鲜卑政权岌岌可危，在东晋荆州刺史司马休之和雍州刺史鲁宗之以讨伐刘裕为名举兵，但败于刘裕的同时，秃发傉檀率军西掠时，西秦偷袭乐都，南凉灭亡，立国十七年。
而刘裕再次北伐，攻入长安，之后班师回朝，刘裕被封为相国、宋公。
年后，晋安帝司马德宗被刘裕派出王韶之勒死于东堂，时年三十七岁，晋安帝司马德宗死后其弟司马德文继位，是为晋恭帝，改元元熙。
第二年，刘裕见时机成熟，命令党徒傅亮草拟好禅位诏书，入宫逼迫司马德文誊抄。司马德文欣然接受，执笔抄写诏书，并对左右说：“桓玄篡位时，晋室已经失去天下了，因为有刘公（刘裕），才延长了将近二十年的国祚。今天做这件事，是心甘情愿的。”
刘裕自幼家贫，后投身北府军为将，他对内平定孙恩起义，消灭桓楚、西蜀及卢循、刘毅、司马休之等割据势力，使南方出现百年未有的统一局面；对外消灭南燕、后秦等国，降服仇池，又以却月阵大破北魏铁骑，收复淮北、山东、河南、关中等地，光复洛阳、长安两都。凭借着巨大的军功，得以总揽东晋军政大权，官拜相国、扬州牧，封宋王。
刘裕建立宋国以后，降司马德文为零陵王，把他迁到秣陵，正朔、车驾、衣服等都依晋朝规格，由冠军将军刘遵考带兵看管。
司马德文皇后的兄长褚秀之、褚淡之，原封为晋朝的太常卿和侍中。
这时皇帝、皇后落难，他们就背主求荣，甘当刘裕的走狗，协助监视帝后。
褚皇后生下一个儿子，褚秀之兄弟遵照刘裕命令，将男婴害死。刘裕也想暗害司马德文，司马德文因而日夜惊恐，整天和褚皇后共处一室，一切饮食也都由褚皇后亲自动手，使刘裕一时无法下手。
刘裕命令琅琊侍中张伟携毒酒一瓶，前去秣陵鸩杀司马德文，存在了一百零三年的东晋王朝至此灭亡。
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