泰、翰林院修撰黄子澄、翰林院侍讲方孝孺联名上书，请求新帝推行削藩，称诸王拥兵自重，多行不法，恐日后危及社稷。
朱雄英阅罢奏折，勃然大怒。他认为诸王皆是皇室血脉，且在“圣凰之治”中多有功劳，削藩之举不仅会动摇国本，更是违背了祖母的遗愿。
盛怒之下，他下令将三人处以极刑，并株连十族。一时间，京城血流成河，朝野上下噤若寒蝉。
朱雄英的强硬态度，并未平息藩王们的疑虑。
凰武二年，代王朱桂、谷王朱橞、辽王朱植、宁王朱权、庆王朱栴、肃王朱楧等诸王，联合拥立楚王朱桢为帝，以“清君侧，诛奸佞”为名，举兵讨伐朱雄英，称其为“大奉伪帝”。
朱雄英得知后，龙颜大怒，即刻下诏命秦王朱樉、晋王朱棡、周王朱橚、湘献王朱柏四人率军平叛。
战争的硝烟迅速蔓延至大江南北。
凰武三年春，周王朱橚率军在鄱阳湖斩杀楚王朱桢，叛军群龙无首，士气大跌。
然而，周王朱橚却在班师回朝途中染病，不久便病逝于军中。
诸王余部不甘失败，又拥立代王朱桂为帝，继续与朝廷对抗。
秦王朱樉奉命率军北上，攻打代王朱桂的封地大同。同年九月七日，两军在大同城外展开决战，代王朱桂战死沙场。
这位原本在历史上要活到正统十一年、享年七十三岁的藩王，提前数十年结束了生命，谥号“简”。
代王死后，宁王朱权收编了各地叛王的残兵，在北平称帝，继续与朝廷抗衡。
战争持续了一年多，双方互有胜负，百姓流离失所，田地荒芜。
凰武四年七月二十一日，湘献王朱柏率军与宁王朱权在山海关展开决战。这场战役异常惨烈，尸横遍野，血流成河。
最终，湘献王朱柏与宁王朱权同归于尽，持续三年的藩王之乱才宣告结束。消息传回京城，举国哀悼，朱雄英下令为湘献王朱柏举行国葬，追封其为“忠烈王”。
凰武四年十月十日，秦王朱樉、晋王朱棡凯旋而归，同时还带回了湘献王朱柏的灵柩。朱雄英感念三位叔父的功绩，下旨将他们一并改为马姓。
至此，开国皇帝朱重八的血脉，彻底融入了马氏皇族。
凰武五年，朱雄英论功行赏，封陈亨之子陈懋等六人为伯爵。同时，他再次下令广求贤才，尤其注重寻访那些隐居山林、怀才抱德之士，令官府悉心寻访，量材录用。
经历了
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